Un herbier est un habitat sous-marin constitué de plantes marines "plantes à fleurs" vivant à faible profondeur et ancrées dans le sable par des racines et rhizomes. C'est l'habitat privilégié de nombreuses espèces et une zone de ponte et de refuge pour de nombreuses larves et alevins. Un herbier marin est un peu l'équivalent d'une prairie sous-marine. En Europe ils sont surtout constitués de zostères et de posidonies. En zone tropicale et ensoleillée, ils peuvent être très denses et couvrir la surface de l'eau sur des centaines d'hectares.
Bien qu'il s'agisse de "plantes à fleurs" capables de reproduction sexuée, dans certaines conditions, la reproduction multiplicative prédomine ou semble assurer seule la conservation de la colonie. Les herbiers marins pourraient ainsi former le plus grand organisme vivant végétal marin connu et l'un des plus anciens. C'est ainsi qu'en 2006 une vaste colonie clonale de Posidonia oceanica, a été découverte au sud de l'île d'Ibiza, de 8km de large et potentiellement âgée de 100 000 ans.
Les herbiers sont en régression presque partout dans le monde, à cause du chalutage des fonds, des ancres de bateaux de pêche ou de plaisance, de l'extension des ports et de l'activité portuaire ou par asphyxie (anoxie) suite à l'envasement induit par une turbidité accrue de l'eau du fait d'apports terrigènes de plus en plus chargés. L'apparition d'espèces exotiques invasives (ex : Caulerpa taxifolia) est aussi une menace pour les herbiers autochtones, en méditerranée.